(조세금융신문=류성현 변호사)  

최근 부동산 시장의 시선은 청와대로 향하고 있다. 이재명 대통령이 직접 ‘다주택자 양도세 중과 유예 연장은 없다’고 못박으면서 오는 5월 9일은 다주택자들에게 심판의 날이 되었다. 이런 긴박한 상황 속에서 최근 선고된 대법원 판결(2025두34699)은 다주택자들에게 매우 서늘한 법리적 경고를 던지고 있다.

많은 다주택자가 임대주택이나 대체주택을 보유한 상태에서 “나는 실거주 목적이 있으니 일시적 2주택자로서 비과세 혜택을 받을 수 있겠지”라고 낙관하곤 한다. 하지만 법원의 잣대는 생각보다 훨씬 엄격하다.

부동산 시장에서 재개발·재건축은 황금알을 낳는 거위로 불리지만, 세금 문제에 있어서는 가장 복잡하고 까다로운 영역 중 하나이다. 특히 '조합원입주권'은 실제 집이 철거되고 남은 '권리' 상태임에도 불구하고, 세법상 주택 수에 포함되기도 하고 때로는 주택이 아닌 것으로 취급되기도 하여 납세자들을 혼란에 빠뜨린다.

최근 대법원에서 확정된 판례를 통해, 조합원입주권을 양도할 때 우리가 흔히 범하기 쉬운 실수에 대해 이야기해보려 한다. 이 사건은 "당연히 비과세되겠지"라고 생각했다가 가산세까지 포함해 3억 원의 세금을 물게 된 안타까운 사연이다.

원고는 2000년 서울에 있는 A주택을 취득하여 오랫동안 거주했다. 이 지역이 재개발되면서 A주택은 2017년 '조합원입주권'으로 바뀌었다.

새 아파트가 완공되기를 기다리던 원고는 사정이 생겨 2021년 3월, 이 입주권을 9억 5,000만 원에 팔았다. 원고는 자신을 당연히 '1세대 1주택자'로 생각했고 1세대 1주택은 비과세라는 상식에 따라 양도소득세 신고를 하지 않았다.

그런데 2023년 4월 1일, 국세청으로부터 청천벽력 같은 고지서가 날아왔다. "당신은 1세대 2주택자입니다. 양도소득세와 가산세를 포함해 총 3억 원을 납부하십시오." 알고 보니 원고의 아내가 문제였다.

아내는 2005년 장인어른이 돌아가시면서 장인 소유였던 B주택의 아주 작은 지분(소수 지분)을 형제들과 함께 상속받았는데 2022년 3월에야 상속에 의한 소유권이전등기를 마쳤던 것이다.

"아니, 내가 2021년 3월에 조합원입주권 양도할 때에는 그 상속 주택에 대해서 아내 명의로 등기가 이루어져 있던 것도 아니고, 우리가 거기서 거주한 적도 없습니다! 게다가 상속받은 소수 지분은 주택 수에서 빼주는 특례가 있지 않나요?" 너무나 억울했던 원고는 과세처분에 불복하고 소송을 제기했다. 과연 법원은 원고의 손을 들어주었을까?

이 사건의 쟁점은 '공동상속주택 비과세 특례'가 '조합원입주권'을 팔 때도 적용되는지 여부에 있다.

공동상속주택 비과세 특례란

소득세법 시행령 제155조 제3항은 상속으로 인해 어쩔 수 없이 주택 지분을 갖게 된 경우, 상속받은 주택의 지분이 가장 큰 사람(주된 상속인)의 주택으로 보고, 지분이 적은 사람(소수 지분자)은 그 주택이 없는 것으로 간주해 준다.

원고의 아내가 소수 지분만 가지고 있다면, 원고가 '일반 주택'을 팔 때는 아내의 상속 주택은 없는 것으로 보아 1세대 1주택 비과세 혜택을 적용받을 수 있는 것이다. 이것을 공동상속주택 비과세 특례라고 한다.

법원의 판단: "입주권은 특례 대상이 아니다"

이 사건에서 법원은 “소득세법령이 '주택'과 '조합원입주권'을 엄격히 구분하고 있고, 공동상속주택 특례 규정(소득세법 시행령 제155조 제3항)은 "공동상속주택 외의 다른 주택을 양도하는 때"라고 규정하고 있을 뿐이므로 "조합원입주권"을 양도하는 경우에는 위 특례 규정을 유추적용할 수 없다고 판단했다.

결국 원고는 '주택'을 판 것이 아니라 조합원입주권이라는 '권리'를 판 것이므로, 상속주택 특례를 적용받지 못한다는 것이다.

몰랐다는 것은 정당한 사유가 되지 못한다.

원고는 "상속 등기가 제때 안 돼서 아내에게 주택 지분이 있는 줄 정말 몰랐습니다. 고의로 탈세한 게 아니니 가산세라도 깎아주세요." 라고 호소하였고, 1심 법원은 가산세를 취소하라고 판결했다.

그러나 2심 법원은 “상속에 의한 소유권 취득은 등기를 요하지 않으며, 원고가 관계 기관에 유권해석을 질의하는 등 정당한 노력을 기울이지 않고 자의적으로 비과세로 판단한 것은 단순한 법률의 부지나 오해에 불과하므로 가산세 감면의 정당한 사유가 인정되지 않는다"고 판결하였고, 대법원은 이를 그대로 확정하였다.

결국 원고는 양도소득세 본세뿐만 아니라 수천만 원에 달하는 가산세까지 모두 납부해야만 했다.

주택과 조합원 입주권은 다르다.

이번 판결은 재개발·재건축 물건을 가진 분들에게 시사하는 바가 매우 크다. "주택을 팔 때 비과세니까, 조합원 입주권을 팔 때도 똑같겠지?"라는 막연한 추측이 얼마나 위험한지를 보여준다.

1세대 1주택 비과세 규정 등 많은 세법 조항이 '주택'을 양도할 때와 '입주권'을 양도할 때 다르게 적용되므로 각종 특례 규정(상속, 동거봉양 등)을 적용할 때 조합원 입주권도 포함되는지 반드시 법조문을 확인해야 한다.

이 사건에서도 만약 원고가 입주권이 다시 주택(신축 아파트)으로 완공된 후에 팔았다면 완공 후에는 '주택'을 파는 것이 되므로 상속주택 특례를 적용받아 비과세 되었을 것이다.

정부를 향한 다주택자 세제 정책 관련 제안

이재명 대통령은 '다주택자 양도세 중과 유예 연장은 없다'고 하였고, 종합부동산세 등 보유세도 인상하겠다고 하였다. 그렇게 되면 다주택자 양도세 중과가 다시 시작되는 5월 9일 이전에 주택 매물이 증가할 수는 있겠지만 그 이후 매물은 다시 잠길 수밖에 없다.

정부는 보유세도 올릴 것이기 때문에 다주택자들이 버티지 못하고 결국 집을 팔게 될 것이라고 예측한다. 그러나 양도소득세 최고 세율이 지방소득세 포함 80%를 넘는 현행 중과세 체계하에서는 보유세 부담이 아무리 크더라도 자산 가치 훼손을 우려한 납세자들이 매각 대신 증여나 버티기를 선택할 가능성이 매우 높다.

결국 집을 팔려는 사람이 거의 없어 주택 가격은 다시 상승할 것이고, 증가되는 보유세는 그대로 임차인들에게 전가될 것이다. 이런 상황이 되면 정부는 다주택자 뿐만 아니라 임차인들로부터의 비난을 피할 수 없을 것이다.

그러나 징벌적 세금으로 부동산 시장을 안정화시키려고 하기 보다는 다주택자라 할지라도 ‘착한 임대인’ 인증을 받은 경우에는 양도소득세 기본세율(6%∼45%)을 적용하고 보유세 부담도 줄여주는 것이 바람직하다.

현행 주택자임대차보호법은 계약갱신청구권 사용 후 4년이 지나면 5% 임대료 증액 제한이 적용되지 않는다는 한계가 있다.

따라서 계약 갱신 1회 적용 후에도 계속적으로 임대차계약을 추가적으로 갱신하면서 임대료를 5% 범위 내에서 증액하는 등 일정 요건을 충족한 경우 ‘착한 임대인’ 으로 인증하는 방법이다.

이러한 다주택자들에게는 양도소득세 기본세율 적용하는 혜택 및 임대사업자 등록, 임대의무기간 준수 등 형식적 요건 충족에 초점이 맞춰져 있는 현행 종합부동산세 합산배제제도를 실질적인 임차인 보호나 임대료 안정화 측면으로 요건을 수정해 해당 임대주택에 대한 종합부동산세 합산 배제 혜택을 부여하는 것이다.

이렇게 한다면, 주택 매물 잠김으로 인한 주택 가격 상승 현상도 방지할 수 있고, 법적 강제가 아니라 인센티브를 통해 4년 후에도 추가적인 계약갱신 및 임대료 5% 증액 제한이 자연스럽게 이루어질 수 있도록 유도함으로써 임차인의 주거 안정 및 임차료 증액 제한으로 인하여 임대차 시장도 자연스럽게 안정화시킬 수 있지 않을까 생각한다.

위와 같은 혜택은 어디까지나 일정 요건을 갖춘 다주택자들에게만 주어지는 혜택이고 이러한 정부 정책을 따르지 않는 다주택자들에게는 양도소득세 및 보유세가 중과세 될 것이므로 이재명 정부의 정책 기조에 어긋나는 것도 아니다.

[대법원 2025. 12. 11. 선고 2025두34946 판결]

[프로필] 류성현 법무법인(유) 화우 변호사
o 미국 Duke University School of Law (LL.M.)

o 서울대학교 법학대학원 (석사 수료)

o 사법연수원 제33기 *서울대학교 법학과 *제43회 사법시험 합격

o 류성현 변호사는 법무법인(유) 화우의 파트너변호사로 주요 업무는 조세 전문분야다. 류 변호사는 국세청 사무관으로 근무하며 쌓은 폭넓은 지식과 실무 경험을 바탕으로 조세자문, 조세쟁송, 국제조세 분야에서 전문성을 발휘하고 있다. 특히 과세전적부심사, 이의신청, 심사, 심판, 소송 등 다양한 조세불복 절차를 처리한 풍부한 경험을 통해 현재 고객들에게 탁월한 법률 서비스를 제공하고 있다.

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