(조세금융신문=안종명 기자) 수입업자가 세관에 관세를 추가로 낼 때 부가가치세 매입세액 공제를 받기 위해 반드시 필요한 ‘수정수입세금계산서’ 발급 기준이 대폭 투명해진다.

그간 세관 당국의 자의적 해석에 따라 발급이 거부되어 수억 원대 부가가치세를 환급받지 못했던 납세자들의 불확실성이 상당 부분 해소될 전망이다.

관세청은 부가가치세법상 수정수입세금계산서 미발급 기준에 대한 실무 가이드라인을 담은 ‘수정수입세금계산서 발급 지침’을 마련해 1월 1일부터 시행에 들어갔다고 밝혔다.

수정수입세금계산서는 수입 신고 이후 세액이 변경됐을 때 세관이 발행해주는 증빙 서류다. 수입업자는 이를 통해 추가 납부한 부가가치세를 매입세액으로 공제받는다. 하지만 현행 부가가치세법은 관세포탈, 부정한 행위, 대통령령으로 정한 ‘중대한 잘못’이 있는 경우 세관장이 계산서 발급을 거부할 수 있도록 제한하고 있다.

문제는 무엇이 ‘중대한 잘못’이고 어디까지가 ‘반복적 오류’인지에 대한 기준이 모호해 세관과 기업 간의 법적 분쟁이 끊이지 않았다는 점이다.

이번 지침의 핵심은 이 ‘미발급 사유’를 구체적인 체크리스트 형태로 표준화한 것이다. 우선 관세청은 ‘동일 오류 반복 행위’의 적용 기간을 직전 관세조사 등으로 한정했다. 범위 또한 세번(HS) 적용 오류는 ‘동일·유사 물품’에만, 금융비용 누락 등은 ‘동일 거래조건’일 때만 반복 오류로 간주하도록 핀셋 규정했다. 과거처럼 유사하지 않은 품목까지 묶어 반복 오류로 몰아세우던 관행에 제동을 건 것이다.

특수관계자 간 거래 시 제출해야 할 과세자료 종류도 구체화됐다. 특히 관세청은 ‘가격신고의 중대한 하자’에 대한 판단 기준을 올해 1월 1일 이후 신고분부터 적용하기로 했다.

지침 시행 전에는 구체적인 판단 잣대가 없었던 만큼, 허위신고 같은 명백한 위법이 아닌 이상 새로운 지침을 소급 적용하지 않겠다는 취지다. 이는 납세자의 신뢰 보호와 법적 안정성을 고려한 조치로 풀이된다.

아울러 세관의 보정통지를 받고도 수정하지 않았을 때 예외적으로 발급을 허용하는 ‘정당한 사유’의 범위도 명확히 했다. 납세자가 세관의 발급 거부 처분에 대해 직접 의견을 내거나 위원회를 통해 이의를 제기할 수 있는 절차도 보강되어 ‘방어권’이 대폭 강화됐다.

이번 지침은 관세청이 지난달 전국 순회 설명회 등을 통해 수집한 기업 현장의 목소리를 적극 반영한 결과물이다. 관세청은 실제 질의회신 사례와 불복 결정 사례 등을 지침에 예시로 추가해 현장 활용도를 높일 방침이다.

이명구 관세청장은 “이번 지침은 해석이 모호했던 발급 제한 기준을 명확히 해 행정의 투명성을 높이는 데 중점을 뒀다”며 “앞으로도 합리적인 제도 운영을 통해 성실한 납세자의 권익을 보호하고 법적 안정성을 강화해 나갈 것”이라고 강조했다.

업계에서는 "그동안 수정세금계산서 발급 거부는 수입 기업들에 가장 큰 조세 리스크 중 하나였다”며 “발급 기준이 구체화됨에 따라 불필요한 행정 소송이 줄어들 것으로 기대된다”고 말했다.

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