(조세금융신문=고승주 기자) 조세심판원이 최근 인천경제자유구역 내 화훼산업시설에 대해 준공검사?매각 전까진 분리과세대상이라는 행정결정을 내렸다.

조세심판원은 청구법인 A가 인천경제자유구역 내 보유한 화훼산업시설에 대해 인천서구청이 분리과세를 철회하고 재산세를 부과한 처분에 대해 부과 취소 결정을 내렸다(조심 2024지0381, 2025.05.29.).

화훼산업시설이란 화훼의 재배?가공?유통?판매 등을 위한 시설이다.

A가 보유한 화훼산업시설은 경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법(이하 경제자유구역 특별법)에 따라 정부가 고시한 경제자유구역 내 시설이었다.

정부는 경제자유구역 개발 촉진을 위해 낮은 세율로 분리과세 등의 혜택을 주었다.

경제자유구역 특별법에 따른 분리과세 대상은 경제자유구역개발사업에 제공하는 주택건설용?산업단지용 토지(지방세법 106조 1항 3호), 적용기간은 경제자유구역개발사업 실시계획 승인 고시한 날부터 경제자유구역개발사업으로 조성된 토지가 공급완료되거나 준공검사를 받을 때(지방세법 시행령 102조 7항 4호)까지로 정했다.

한 마디로 경제자유구역개발사업용으로 개발되는 주택건설용?산업단지용 토지에 대해선 해당 토지에 공장이나 주택이 세워질 때까지 또는 개발이 완료된 토지가 매각될 때까지 낮은 세율의 분리과세를 주겠다는 뜻이다.

인천 서구청은 처음에는 A의 경제자유구역 내 화훼산업시설 토지 18필지에 대해 2019~2022년 분리과세를 적용해 부과?고지했다가 2023년 10윌 16일 화훼산업시설 토지는 경제자유구역특별법상 산업단지용 토지에 해당하지 않는다며 분리과세를 철회, 종합합산과세대상으로 새로 재산세를 매겼다.

A는 경제자유구역개발사업을 하려면 필수적으로 필요한 시설이 있는데, 산업단지용 토지만 분리과세를 주고, 산업단지를 위한 시설용지에 분리과세를 주지 않는 것은 타당하지 않다며, 관련 대법 판결(대법원 2010.2.11. 선고 2009두15760)과 관련 조세심판원 심결례(조심 2015지1279, 2015.12.30.)를 제시했다.

인천 서구청은 경제자유구역 특별법에선 분리과세 대상은 주택건설용?산업단지용 토지만으로 한정한다는 문구가 있다며, A식으로 분리과세를 주면 경제자유구역 개발 촉진이란 취지와 달리 혜택을 무분별하게 주게 된다는 논리를 펼쳤다.

인천 서구청은 이 논리를 보강하는 법률로 산업입지에 관한 법률을 제시했다.

지방세법 시행령 102조 7항에서는 저율 분리과세 대상을 지정하고, 4호에서는 경제자유구역개발사업에 제공하는 토지의 분리과세 적용기한을 규정하는 한편, 5호에서는 산업입지에 관한 법률에 따른 산업단지개발실시계획의 승인을 받아 산업단지 조성공사에 제공하는 토지도 추가로 분리과세 대상으로 제시하고 있다.

조세심판원은 A의 화훼산업시설용 토지(경제자유구역개발사업구역 내 토지)에 적용할 법률은 입법 취지를 볼 때 지방세법 시행령 102조 7항 4호에서 규정하는 산업단지용 토지가 부합하다고 보았다.

그리고 지방세법 시행령 102조 7항 5호에서 산업단지용 토지에 분리과세를 주라고 규정돼 있지만, 2008년 12월 31일 지방세법 시행령 102조 7항 4호를 별도로 만들어서 경제자유구역개발사업에 제공하는 토지에 분리과세를 주라고 한 건 지방세법 시행령 102조 7항 5호에서 산업단지용 토지로 지정된 토지 말고 경제자유구역개발사업 내 산업단지용 토지에 분리과세를 주라고 한 것이 합리적이라고 풀이했다.

심판원은 지방세법 시행령 102조 7항 4호의 입법취지와 대법 판결(대법원 2010.2.11. 선고 2009두15760)을 고려해 지방세법 시행령 102조 7항 4호 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따른 산업단지로 지정되지 않은 경제자유구역 내 산업시설용 토지에 대해 분리과세대상으로 구분하여야 한다고 결정한 점을 감안해 종합합산과세로 재산세를 부과한 처분을 취소할 것을 결정했다.

인천 서구청이 동법 동항 5호의 산업입지 및 개발에 관한 법률에 따른 산업단지용 토지를 들고나온 건 주소를 잘못 찾은 셈이다.

한편, A가 조성한 화훼산업시설을 구매한 B사는 분리과세를 해달라고 심판원에 심판청구를 한 사실이 있는데, 이는 기각당했다.

경제자유구역 특별법에 따라 재산세 분리과세를 해주는 이유는 개발을 빨리하기 위함이지 개발한 후까지(매각 및 준공검사 이후) 혜택을 주겠다는 것은 아니기에 화훼산업시설을 구매한 B사는 적용받을 수 없다. 관계 법령은 지방세법 시행령 102조 7항 4호다.

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