(조세금융신문=고승주 기자) 국세청이 과세특례 적용 시 신청서 없이도 혜택을 줄 수 있다는 유권해석을 내렸다가 돌연 과세를 개시해 혼란을 주고 있다.   

국세청 측에서는 사실관계에 따라 판단이 달라질 수 있다고 설명했지만, 법해석에 일관성이 없는 것 아니냐는 질문에는 답변을 회피했다.

울산지방법원은 지난 8월 24일 피합병법인 A사가 부산지방국세청 산하 B세무서장을 상대로 제기한 41억6200만원 규모의 법인세 부과 처분취소 소송에서 원고 패소 판결을 내렸다(2022구합7670, 2023.08.24.).

법원에 따르면, A사는 2016년 8월 회사가 흡수합병되면서 132억3500만원의 양도차익이 발생했다. 하지만 양도차익에 대한 세금을 내진 않았다.

적격합병의 경우 세금납부를 미뤄주거나, 양도차익과 관련한 세금을 면제해줄 수 있는 특례조항이 있기 때문이다.

하지만 A사는 세무서에 과세특례 신청서를 내진 않았다.

B세무서는 2021년 세무조사 과정에서 A사가 적격합병 과세특례 대상임을 확인했지만, 과세특례를 신청서 없이 임의로 적용하는 것은 위법이라며 세금을 물렸다.

A사는 단지 신청서를 내지 않았다는 이유만으로 세금을 내라는 것은 본질에서 벗어난 것이라고 항변했다.

법원은 B세무서의 손을 들어줬다.

현행법에서는 과세특례 신청서를 제출해야 한다고 나와 있기 때문이다.

“(울산지방법원) 피합병법인의 특례신청서 및 합병법인의 자산계정조정명세서의 제출은 단순히 협력의무에 불과한 것이 아니라 반드시 필요한 절차이다.”

◇ 신청서 없이도 과세특례 준다더니…상황마다 달라

그런데 A사와 비슷한 시기 흡수합병된 C사에 대해서는 판단이 달랐다.

C사는 A사와 마찬가지로 적격합병 과세특례 조건만 갖췄지만, 신청서를 내지 않았다가 과세특례를 사후적으로 적용받을 수 있는 지 국세청에 물었다.

이에 대해 국세청은 신청서가 없어도 적격합병 조건만 맞으면 사후적으로도 과세특례를 받을 수 있다고 유권해석을 내렸다(법령해석과-467, 2018. 2. 21.). 다만, 세무조사 받기 전 사후신청할 경우에만 해당한다고 단서를 달았다.

하지만 세무대리 업계에서는 혼란스러운 표정이다.

A사와 C사 모두 적격합병 조건을 갖췄지만, 단지 세무조사를 받았다는 이유 하나만으로 A사는 안 되고, 세무조사를 안 받은 C사에 허용하는 것이 형평에 맞느냐는 것이다.

법조계에선 세무조사 전에는 본질에 맞춰 과세특례를 주지만, 세무조사 후에는 형식에 맞춰 과세특례를 주겠다는 식으로 법해석이 바뀌는 부분이기에 논란이 있을 수 있다고 전했다. 

“(변호사 Y씨) 조세감면이나 과세특례의 경우 본질에 맞으면 신청서 없이도 감면을 주는 판례가 있습니다. 국세청이 이길 수도 있지만, 신청서가 없다는 이유로 과세를 한 것은 다툼의 여지가 있기 때문에 대법까지 갈 수도 있습니다.”

국세청에서는 법에 나와 있는 대로 집행했다고 전했다. 

"(국세청 대변인실 관계자) 적격합병 과세특례의 경우 법에 세무조사 이전에는 사후에도 과세특례 신청서를 내고 수정할 수 있지만, A사 경우에는 세무조사 이후에 수정신고도 안 하고, 신청서도 안 낸 경우로 과거 예규와 전혀 다른 사례로서…." 

세무대리 업계에서는 최근 신청서란 형식 요건없이 과세를 받는 경우가 있어 주의해야 한다고 전하고 있다. 

법적 조건에 해당한다는 것만 믿고, 비상장사 주식을 자녀들에게 넘기는 과정에서 신청서를 내지 않았다가 국세청이 세무조사를 가동하면서 세금을 부과받는 사례가 줄 잇고 있다는 것이다.

서울 내 D기업은 가업승계 특례로 대법원까지 갔으나 결국 패소했다.

가업승계 특례를 조건만 갖춘 게 아니라 사후관리도 완벽히 수행했고, 심지어 지자체 역시 가업승계 조건을 충족했다고 판단했다. 하지만 국세청은 신청서를 내지 않았다는 이유로 세금을 매겼고, 법원에서도 국세청 손을 들어줬다.

“(K 세무사) 국세청 유권해석은 세무조사를 받는 상황이 아닌 경우 과세특례 대상이면 신청서 제출 안 해도 특례 적용할 수 있다는 건데 A사 사례는 과세특례 대상임을 세무조사로 확인했는데도 과세특례 적용을 안 한다는 게 논리상 잘 안 맞고, 과세특례 적용 여부를 세무조사를 받느냐 안 받느냐로 정할 수 있다는 건 법에 없기에….”

“(H 회계사) 최근 각 지방국세청에서 신청서 없으면 과세하는 사례가 계속되고 법원에서도 받아들이고 있는 추세인데 유권해석이 현장과 다르면….”

일각에선 기업의 혼동을 줄이러면 법 해석이 일관될 필요가 있다고 전했다. 

기업 조세감면은 신청서를 미제출해도 조건만 맞으면 허용하는 경우가 있지만, 부가가치세 특례는 신청서 미제출 시 과세에 나선다.

법에서는 과세특례나 조세감면을 받을 때 ‘신청서를 제출해야 한다’고 나와 있어도, ‘신청서를 내는 경우에 한해서 적용한다는’ 식으로 법에서 명확히 안 쓴 경우는 신청서 없이도 과세특례를 허용하는 경우가 있다고도 전한다.

적격합병 과세특례의 경우 법령에 세무조사를 사후적용 배제 요건으로 두고 있는데 다른 과세특례 등은 그러한 조건이 없어 법에 따라 집행을 해야 하는 국세청 입장 상 불가피하게 해석이 달라지는 영역이 있을 수 있다고 말한다.

조세감면과 과세특례를 달리 봐야 했다는 의견도 나온다.

조세감면은 말 그대로 혜택이라서 몰라서 못 받으면 손해이기에 나중에라도 받을 수 있는 길을 열어두는 게 맞지만, 과세특례는 적용하는 게 유리할 수도 유리하지 않을 수도 있기에 당사자 선택이 선결돼야 한다는 것이다. 

“(K 세무사) 상황에 따라 법 해석이 다를 수는 있는데 상황 따라 원칙이 뒤바뀌면 아무래도 혼동이….”

국세청의 표어는 '국민의 국세청, 신뢰받는 국세행정.'

신뢰를 받기 위해선 일관성 있는 법령 정비와 법 해석이 필요하다는 의견이 뒤따른다.

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